在（反渗透+混床）工艺中，虽然反渗透设备除去了进水中的极大部分离子，但混床的离子交换树脂失效后，仍需酸碱处理，以复苏树脂的离子交换性能，因而在制取纯化水的过程中，仍有废酸碱再生液排放，污染环境。在环保要求日趋严格的条件下，虽然其设备投资成本较低，产水电导率也较低，但其应用仍受到环保要求的限制。

在（反渗透+电除盐）工艺中，由于电除盐装置对进水水质（如硬度、TOC等指标）要求极为严格，一般一级反渗透产水经常不能达到电除盐装置的进水要求，因而在大多数情况下，需采用二级反渗透产水作为电除盐装置的进水。同时，由于电除盐设备单元价格较高，这样就使其纯化水制取设备投资成本大幅升高。虽然其出水电导率低、纯化水制备过程无酸碱处理，但由于其单位制水成本极高，故导致其应用受到投资成本的限制。

而二级反渗透制水工艺，虽然其产水电导率相对较高，但在一般情况下，其产水电导率能达到纯化水的要求，因而它以工艺设备投资成本适中，操作维护简单。二级反渗透工艺由于具有高脱盐率、自动化程度高、环保等优点，对大部分水源来说，其产水水质能达到医药纯化水的要求，因而二级反渗透技术在制取医药纯化水中的应用必然越来越广。